1、蒸馏蒸空度高，分子蒸馏仪可以创造一个高真空度系统环境的重要因素是其具有很好的密封性，内部压力可降至0.1Pa以下。
2、蒸馏温度低，分子蒸馏分离利用的是分子平均自由程的不同，因此蒸馏温度远低于原料沸点，解决高附加值化学品热敏性的问题。
3、分离效率高，分子蒸馏过程由于其不可逆性，使其能够分离普通蒸馏无法分离的物料，这一特点使得分子蒸馏技术可以应用在要求产物高纯度的食品及医药领域。
4、物料受热时间短，分子蒸馏仪的刮膜器使得物料在蒸发器表面形成均匀的薄膜增大了蒸发面积，使蒸馏时间更短，降低了物料长时间受热分解的几率，使得分离更加节约了时间成本。